Уже через 2 года, 21 сентября/4 октября 1903 года состоялась закладка нового каменного храма. День этот прихожане Свято-Ильинской церкви провели не как обычный воскресный день, а как храмовый праздник. и уже к 1908 году: новый, хороший каменный храм стоимостью около 18 тысяч рублей и новый колокол в сто пудов весом.

План храма выбран был удачно. Довольно просторный, снаружи он был покрыт по кирпичу светло-желтой краской, а внутри весь окрашен по штукатурке в бледно-голубой цвет и расписан живописью. На стенах – картины Нагорной проповеди и Всемилостивого Спаса. Очевидцы замечали, что при блеске свежих красок и позолоты храм выглядел весьма нарядно и даже богато. Арка, разделяющая его почти посередине, занимала немного места и не загораживала переднюю часть церкви для стоящих у входа богомольцев. В алтаре имелись диаконники – особые комнаты с боков алтаря – что представлялось весьма удобным и целесообразным. Пол в храме был цементный.

В июне 1908 года было получено разрешение епархиального священноначалия на освящение вновь построенного храма, которое и состоялось 22 сентября / 5 октября того же года. В воскресенье, 21 сентября / 4 октября, по приезде в село благочинного, отца Авраамия Чемесова, подняли новый колокол на колокольню, и в 6 часов вечера его мягкие звуки призывали прихожан к вечернему богослужению. Толпами спешили нарядные богомольцы, оживленно и весело беседовали они, идя в свой новый храм. У них столько радостей: и церковь новая, и урожай хороший дал Господь Бог.

В августе 1915 года на Богандинский приход назначен был священник Герасим Шорец, перешедший на службу в Тобольскую епархию из Омска. В 1909 году, когда настоятелем церкви стал о. Сергий Грибанов, вдруг выяснилось, что в приходе заявили о себе адвентисты.

Сменивший о. Сергия в 1914 году священник Константин Ребрин был настоятелем прихода всего один год. И когда в 1915 году здесь появился о. Герасим Шорец, то в числе первых задач он поставил противосектантскую работу.

Сильно пострадавшая от обстрела во время отступления красных Ильинская церковь была приведена в подобающий вид уже к сентябрю 1918 года. Несмотря на многочисленные выбоины и повреждения, крепко сложенный храм выдержал, связь в стенах осталась не порванной и, по заключению техника, исправления не представляли особой трудности.

Отец Герасим Шорец, поступив полковым священником, оставил приход и ушел с отступающими войсками. В Пророко-Ильинскую церковь был назначен настоятелем иерей Александр Тутолмин, который тоже вскоре эвакуировался. Так к 1920 году Богандинская церковь осталась без пастыря. В 1922 году настоятелем Пророко-Ильинской церкви с. Богандинское значится священник Феодор Твердышев, 39 лет, а псаломщиком – 21-летний Герман Баталов. Можно предположить, какие трудности пришлось выдержать отцу Феодору в это неспокойное время.

Протоиерей Валерий Гордеев был одним из организаторов восстановления храмов в Тюменском районе в 80-х годах. Таким он увидел Ильинский храм перед началом его восстановления:

«Вид храма был печальным. Разрушенная церковь. Пустырь, залитый водой. Вода со стороны дороги вплотную подходила к вратам храма. Дверей у церкви нет, внутри все обвалилось. Даже кирпич шел песком. Лишь кое-где сохранились остатки живописи. Селитра губительно воздействовала на стены и разъедала даже «царский кирпич». А алтаря совсем не было. Вместо него – пустое место».

Храм пророка Божия Илии постепенно преображается, благоукрашается. Перед престольным праздником 2002 года была воссоздана в историческом виде колокольня. Сейчас идут работы по реконструкции кровли и центрального купола, положен новый гранитный пол, мастерами из г. Новочебоксарска изготовлены напольные киоты, заменены все двери в храме, пишутся иконы для нового иконостаса.