Музейная экспозиция включает 4 зала: «Этнографический», «Боевой и трудовой славы», «Татарская изба», «История образования».   

В зале «Татарская изба» представлена экспозиция жилья сибирских татар второй половины XIX – первой половины XX веков, где посетители знакомятся с давно ушедшими от нас предметами быта и домашней утварью.             

В экспозиции «История образования» показан длительный этап и особенности образования сибирских татар.

В зале «Боевой и трудовой славы» представлены подлинные фронтовые письма, извещения (похоронки), боевые награды и юбилейные медали, различные справки и документы, обмундирование солдат и подлинные предметы с мест боевых сражений Великой Отечественной войны.

На стендах размещены фотографии наших земляков – участников войны и тружеников тыла, в том числе фотографии Героя Советского Союза Аширбекова Ахметрашита, участника охраны Потсдамской конференции и участника Парада Победы в Москве 1945 года Муслимова Фархада Галиулловича, Героя Российской Федерации Мухутдинова Тимура Мухаметсабаровича, участника Афганской войны, награждённого посмертно орденом Красной Звезды, Рахимова Акрама Ахтямовича.

В «Этнографическом зале» представлена жизнь и деятельность купца и мецената Нигматуллы Сейдукова-Кармышакова, на чьи средства в селе Ембаево построен архитектурный ансамбль Большой мечети и магометанское духовное училище. Нигматулла-хаджи сыграл большую роль в духовном развитии сибирских татар.

Первым директором музея была его создательница – Венера Адиятовна Биктимирова. В данный момент руководителем музея, хранителем музейных фондов является Нэля Асхатовна Файзуллина.

Сегодня в музее насчитывается более 3 000 экспонатов. Они раскрывают историю села, помогают заглянуть в прошлое и рассказывают о сегодняшнем дне. В фондах хранятся коллекции прикладного искусства, этнографии, культовых предметов, живописи и скульптуры, нумизматики, а также редкие и уникальные предметы, отражающие историю и культуру татарского народа и имеющие историческую и духовную ценность: учебники на арабском языке, метрические книги с. Ембаево начала XX века, национальная одежда (головные уборы, обувь).

Культурно-познавательный маршрут Ембаевского сельского музея «Прошлое ради будущего» прошел в финал Всероссийской туристской премии «Маршрут года» 2021».

Ембаевский сельский музей вошел в турмаршрут под названием «Энергия тысячелетий — золотой бренд Сибири» с прекрасными образцами шитья сибирских татар, который связан с золотным шитьем.

За 25 лет существования наш музей посетили более 300 тысяч человек: учащиеся, учителя, родители, жители  нашего муниципального образования, учащиеся других школ города Тюмени, района и области, ветераны ВОВ, ветераны Боевых действий, делегации из разных регионов РФ, известные области и стране люди, делегации из зарубежных стран Франции, Германии, Китая, Америки, Италии, Японии, Турции.