В комплекс входили: Большая мечеть, вокруг которой был построен целый ансамбль благотворительных сооружений, куда входили: медресе (ныне здание музея), библиотека, гостиница, прачечная, столовая. На территории комплекса был построен постоялый двор. До настоящего времени это здание не сохранилось.

Строительство Большой мечети началось в 1884 году. Проект мечети купец-меценат привез из Саудовской Аравии, по другим данным, − из Турции. Мечеть двухэтажная, построена в мавританском стиле: шесть чугунных столбов имели подвижные крепления. Сейчас внутреннее убранство мечети выглядит так.

Строительные материалы привозились из разных городов России. Например, мрамор для крыльца и лестницы Нигматулла Кармышаков-Сейдуков лично привез из Крыма. По воспоминаниям старожилов: «Эта особенность мрамора Крымского месторождения покорила татарского мецената Нигматуллу Кармышакова (Сайдукова). При строительстве мечети он со своими помощниками отправился в далекий Крым.

Около 2-х месяцев продолжалась поездка за крымским мрамором, в результате которой в Ембаевские юрты был привезен диковинный строительный материал. Из крымского мрамора в мечети соорудили большую лестницу, ведущую к большому залу и крыльцо при входе.

В советское время лестница внутри мечети была полностью закрашена. До наших дней в первозданном виде сохранился лишь камень крыльца мечети. Этот серый камень, уже более ста тридцати  лет встречает прихожан мечети с. Ембаево.

Пиломатериалы спускали по реке Туре с Верхотурья,  кирпичи изготовлены из глины, добытой в местных лесах. Мечеть строилась из кирпича по проекту архитектора прусского происхождения Готлиба Цинке.

Вход в мечеть выделен фигурными фронтами, больше свойственными стилю барокко. Сохранены традиционные черты: многогранная форма минарета, круглый балкон вокруг него для муэдзина. Так на фрагментах железа с минарета сохранились надписи: «Всемирная Парижская выставка,1900 год», «Лысьвинский горный округ №6 графа П.П. Шувалова».

Строительство продолжалось 4 года. В 1888 году мечеть открыла свои двери для прихожан. Возле мечети было построено здание медресе – Магометанское училище. Школа была очень красивой, состояла из двух комнат для занятий и двух коридоров. Обучение проводилось по новым методикам.

В медресе обучение было бесплатным. Преподавались чтение и объяснение Корана, письмо на татарском языке арабской графикой, а для желающих – персидский и русский языки. Преподавателей приглашали даже из зарубежных мусульманских стран, а также из Казани, Уфы и других городов.  В медресе готовили священнослужителей для мечетей тех частей России, где жили мусульмане. Приглашал лучших преподавателей. В фондах музея хранятся   учебники этого учебного заведения.

Нигматулла хаджи каждый день приходил в школу и лично проверял знания детей. Если видел, что ученики имеют успехи, то очень радовался. Чтобы поддержать мальчишек, вызвать большой интерес к учебе, он дарил им халаты, сапоги, галоши, фуражки. Товары привозил с Ирбитской ярмарки, а учебники – из Стамбула.

Во внутреннем дворе мечети была расположена большая библиотека, построенная из кирпича. Библиотека состояла из трех комнат. Она  была открыта каждый день, чтобы читатели могли работать с книгами и делать из них выписки. Для этого под рукой всегда находились ручка, бумага и чернила. Фонды библиотеки составляли 2200 томов редких книг, в том числе и рукописных: на арабском, персидском, татарском, русском языках. Они привозились из Бухары и Турции. Эти книги покупались или выписывались. Одна книга могла стоить 500 рублей, для сравнения – когда корова тогда стоила 5 рублей, а лошадь 25 р.

В книге «История села Ембаево» под ред. Х. Ч. Алишиной, что во время своего второго паломничества (в 1880 г.) Нигматулла хаджи приобрел их за очень большую сумму – за три тома рукописных книг Мохида Борхани из Бухары он заплатил трижды по 700 рублей. Во время второго паломничества Нигматулла хаджи израсходовал 36 тысяч рублей, большая часть денег ушла на покупку книг. После революции библиотеку закрыли, часть книжного фонда была уничтожена, а другую часть успели вывезти в Областной краеведческий музей (ныне Музейный комплекс им. И. Я. Словцова).

В настоящее время в этом здании учебные классы воскресной школы имени Нигматулла хаджи Кармшакова, входящая в структуру Духовного управления мусульман Тюменской области, мусульманской религиозной организации с. Ембаево по словам преподавателей, является достойным продолжением традиций дореволюционного Ембаевского медресе. В настоящее время здесь находится Ембаевский сельский музей. На территории ансамбля Большой мечети были высажены сосны, лиственницы, которые уже стали вековыми.